Luas wilayah Kabupaten Paser sebesar 11.603,94 Km², meliputi wilayah darat dan laut. Diantara kecamatan-kecamatan yang ada di Kabupaten Paser, Kecamatan Long Kali merupakan kecamatan yang memiliki luas wilayah paling besar karena mencakup 20,56 persen dari luas keseluruhan Kabupaten Paser. Sementara itu Kecamatan Tanah Grogot memiliki luas paling kecil diantara kecamatan-kecamatan yang ada di Kabupaten Paser. Luas wilayahnya hanya mencakup 2,89 persen dari luas keseluruhan Kabupaten Paser. Berikut tabel mengenai kecamatan yang berada di wilayah Kabupaten Paser :
- Kecamatan Tanah Grogot, terdiri dari 19 Desa.
- Kecamatan Paser Belengkong, terdiri dari 23 Desa.
- Kecamatan Kuaro, terdiri dari 20 Desa.
- Kecamatan Long Ikis, terdiri dari 25 Desa.
- Kecamatan Long Kali, terdiri dari 21 Desa.
- Kecamatan Batu Sopang, terdiri dari 9 Desa.
- Kecamatan Muara Samu, terdiri dari 9 Desa.
- Kecamatan Muara Komam, terdiri dari 14 Desa.
- Kecamatan Tanjung Harapan, terdiri dari 7 Desa.
- Kecamatan Batu Engau, terdiri dari 14 Desa
Secara topografi wilayah, Kabupaten Paser terbagi atas dua bagian wilayah yaitu :
- Bagian Timur merupakan daerah dataran rendah, landai hingga bergelombang. Bentangan daerah ini memanjang dari utara hingga selatan dengan lebih melebar. Di bagian selatan yang terdiri dari rawa – rawa dan daerah aliran sungai dengan Jalan Negara Penajam – Kuaro – Kerang Dayo sebagai batas topografi.
- Bagian Barat merupakan daerah dataran yang bergelombang, berbukit dan bergunung sampai ke perbatasan Provinsi Kalimantan Selatan. Pada Daerah ini terdapat beberapa puncak yaitu Gunung Serumpaka dengan ketinggian 1.380m, Gunung Lumut 1.233m, Gunung Narujan atau Gunung Rambutan dan Gunung Halat.
Berdasarkan tingkat ketinggian wilayah dari permukaan laut, ketinggian wilayah Kabupaten Paser terletak pada kisaran 0 sampai dengan >500 meter. Namun secara umum, ketinggian wilayah di Kabupaten Paser berkisar antara 0 sampai dengan 100 meter dan hanya pada beberapa bagian wilayah tertentu seperti di kecamatan Muara Komam, Muara Samu dan kecamatan Batu Sopang yang memiliki ketinggian wilayah mencapai lebih dari 500 meter dari permukaan laut.